Da Maggio a Luglio 1999, Pakistan e India sono stati coivolti nel conflitto del Kargil, combattuto nel distretto di Kargil nel Kashmir, quando era Capo di Stato Maggiore dell'esercito e primo ministro Sharif.
Ha preso il potere nel 1999 in seguito a un colpo di stato che ha deposto il primo ministro in carica Nawaz Sharif e ha assunto il titolo di Presidente del Pakistan il 20 giugno 2001, per essere poi rieletto il 6 ottobre 2007. In conseguenza del colpo di stato nel 1999 il Pakistan è stato sospeso dal Commonwealth.
Il 3 dicembre 2007, dopo la convalida della sua elezione a Presidente da parte della Corte Suprema, ha lasciato la carica di capo di stato maggiore dell'esercito.
Il partito maggiore che lo sostiene in Parlamento è la Lega Musulmana-Quaid.
Dopo la morte della rivale Benazir Bhutto il 27 dicembre 2007, in un attentato suicida, Musharraf è stato accusato di essere il mandante dell'omicidio.
Il 18 agosto 2008 ha annunciato le sue dimissioni alla tv nazionale.
Sposato con Sehba ha avuto due figli: Ayla e Bilal.
